Από την εισαγωγή της στη δεκαετία του 1970, η μικροβιακή ανάλυση έχει υποστεί συνεχή ανάπτυξη και βελτίωση. Αρχικά, η μικροβιακή ανάλυση χρησιμοποιήθηκε κυρίως για την ανίχνευση περιβαλλοντικών δειγμάτων και αργότερα σταδιακά επεκτάθηκε στους τομείς της ιατρικής, της γεωργίας, της βιομηχανικής κ.λπ. αναλυτική μέθοδος.
